花音恢复了人类的身姿后，迎来了第一次的生日——突然，事件发生了。假面骑士Dark Ghost率领3人的假面骑士Dark Necrom出现在小尊他们的面前。在战斗中，小尊、诚、亚伦，然后明里、御成、花音，被吸进七色的光芒的方向里去。他们到达的地方是历史上的伟人们的灵魂被实体化后，所生活在不可思议的村落。但是，假面骑士Dark Ghost是用这个村子的英雄们的灵魂，来收集100个眼魂完成“究极的眼魂”。如果“究极的眼魂”完成的话，所有世界的人都会变成鬼魂。假面骑士Dark Ghost的真实身份居然是亚伦已经去世的大哥·阿尔戈斯。另一方面，诚和长的间失踪的父亲·深海大悟再次相会了。亚伦对阿尔戈斯的计划提出异议。然后，阿尔戈斯俘虏了花音，来要挟诚的帮助自己，大悟不可理解的行动，使诚与之发生激烈的冲突，不久诚假面骑士Specter和大悟假面骑士Zero Specter父子对决！

《假面骑士Ghost》网络版。从2016年1月15日开始于YouTube频道“东映特摄YouTube Official”配信的特别篇故事作品。共六章，另外最终章最一号&平成篇限定收录于玩具商品《DX假面骑士45幽灵眼魂&传说骑士之魂！DVD套装》附带DVD内。假面骑士Ghost和Specter利用寄宿平成第2期的假面骑士灵魂的特殊的幽灵眼魂变身，与因名为弗雷的谜之少年介入而复活的历代假面骑士宿敌战斗。

目标成为幽灵猎人的天空寺 武，得到从亡父天空寺 龙送来的幽灵眼魂（Ghost Icon），却被盯上其物的异世界怪人眼魔杀死。为救青梅竹马，决定使用幽灵眼魂和Ghost驱使器变身，成为假面骑士Ghost以99天短暂的生命复苏。为了收集能实现愿望的15个伟人的眼魂...

为了帮助居住在眼魔的世界并将其变成美好世界的阿兰，深海诚和妹妹加农一起踏上了眼魔的世界。描写了他们新的故事，诚和阿兰相遇的故事。

ある日、仮面ライダーゴーストこと天空寺タケル（西銘駿）の前に仮面ライダーダークゴースト（木村了）が出現。ダークゴーストの目的は、100人の英雄の眼魂（アイコン）を収集し究極の眼魂を作り上げ、全ての人間をゴーストにすることだった。タケルや深海マコト（山本涼介）、アラン（磯村勇斗）はダークゴーストに立ち向かう。

丹顿残党妄图干扰人类世界，马拉、卡米尤与罗贝斯将深海花音从眼魔世界带出，想利用她实现丹顿的野心。然而天空寺尊接到消息后火速赶来，激烈的战斗过后，花音独自逃脱，来到外界寻找哥哥深海诚。天灾发现花音是人造人，因此十分感兴趣，想要认花音当妹妹。两人纠缠之际，假面骑士圣刃，也就是神山飞羽真正好经过，仗义出手和天灾打了起来。随后众人发现看似柔弱的花音实力深不可测，连天灾都在她手上吃了亏。几经周折过后，罗贝斯、天灾、飞羽真还有尊四方势力狭路相逢，飞羽真与尊分别变身为假面骑士圣刃与假面骑士灵骑，两人携手作战，最终战胜了罗贝斯与天灾。尊向花音承诺，一定会帮她找到哥哥深海诚，花音便放心跟着谢贝尔走了。然而在回大天空寺的途中，马拉与卡米尤突然出现，再次劫走了花音。

东都、西都、北都的战争结束后，在潘多拉魔塔内建立起了新政府，各都由三位都长管理。然而这三位都长却在就职演讲上扬言要歼灭创骑，一场新的危机降临了，战兔最后的实验开始了！

和平年代，继承了假面超人月骑衣钵的少年红渡进入森罗高中，开始了磕磕绊绊的校园生活。某天，一名仓皇落魄的越狱犯闯入高中，此人名叫杉村隆，是一个历经22年岁月未见衰老的奇怪之人。一阵混乱过后，杉村隆被觉醒的传说偶兽带走。从白峰天斗的口中得知，杉村不老的秘密极可能和22年前其亲手策划的劫持女子音乐家的事件有关，而这一切导致了最为恐怖的上古魔王传说偶兽复活。 为了粉碎传说偶兽的阴谋，红渡穿越时空回到了1986年，并且见到了自己的父亲红音也。他与父亲试图改变历史，然而一切依旧朝着最糟糕的事态发展……

灯光闪烁的大都市内，一股彩虹色的龙卷风突然降临。幕后黑手金色魔法师抓走了阿历，操真晴人为了救阿历，与金色魔法师展开了对决，他们最终都被卷入了龙卷风之中。 当操真晴人和阿历苏醒后发现，整个世界都变成了魔法国度。人们通过变身腰带和魔法指环随心所欲地使用魔法，魔法是人们生活中不可或缺的东西。虽然城市里也有幻魔出来作乱，但每一个市民都可以利用腰带变身成假面骑士进行反抗，这让操真晴人和阿历大为震惊。 操真晴人和阿历因身份可疑，遭到了大门凛子逮捕。随后，他们两个被送到了城堡，去面见魔法王国的统治者玛雅大王。 看似平静的奇特魔法世界里，其实暗藏着一个惊天大阴谋。操真晴人将如何找到金色魔法师、拯救众人，并带着阿历回到原来的世界呢？

故事从战兔在公路上骑着摩托车，接到美空和纱羽姐的电话开始。万丈去参拜香澄（女朋友）的墓，一海去参拜三羽鸦的墓，幻德则睡觉。三都的知事的演说开始了，战兔将一对姐弟从Smash那解救了出来。因为伊能贤吾的洗脑，民众们向战兔袭来。火星灭亡后，为了毁灭地球，Blood族在这10年里，一直作为影子暗中活动。Evolto因为没参与其中，导致三人被灭亡。战兔在逃跑的途中，突然出现了两只狗，看到狗实在太可爱了，战兔忍不住为其拍照。结果不巧被民众发现了，又跑了出去。足球场的应援席里，一海与幻德达成一致。但是这时北都知事---才贺涼香出现了，并变成剪刀Smash，与Rogue和Grease打了起来。听到是乡原光臣当初提出把香澄变成Smash的，万丈立刻变成Cross-z Magma，与变身成斑马Smash的光臣打了起来。但是这时，伊能贤吾现身，将万丈洗脑了。战兔为了调查【极计划】，这时伊能贤吾与被洗脑的万丈现身了，万丈变身成Great Cross-z向战兔袭来。战兔也变身为Rabbit Rabbit形态迎战。可是被斑马Smash和剪刀Smash抓住不能动弹，又受到Great Cross-z的【Great Dragon Finish】的重击，导致变身解除了。一海和幻德被才贺涼香抓住了，这时内海出现了说想要挤压腰带就下跪吧。只有幻德下跪了取回了腰带。变身解除的战兔被万丈夺走了危险扳机，交给了伊能贤吾。与剪刀Smash、斑马Smash和万丈三人一样，伊能贤吾使用【伟大穿越龙】、【眼镜蛇迷失满瓶】和【危险扳机】变身成了假面骑士Blood。就在Blood要给肉身的战兔致命一击的时候，Evolto为救战兔而赶来了。